Wody powierzchniowe są obok rzeźby terenu i szaty roślinnej fundamentalnym elementem krajobrazu Borów Tucholskich. Siec wód powierzchniowych, na którą składają się liczne jeziora i rzeki, jest bardzo bogata. Wszystkie cieki wodne należą do lewego dorzecza Wisły, płynąc na południe lub południowy wschód ku pradolinie Wisły, zgodnie z nachyleniem terenu ukształtowanym w epoce lodowcowej. Odprowadzają one swoje wody dawnymi szlakami odpływu wód roztopowych, w które obfituje rozległa równina sandrowa. W związku ze znacznym nachyleniem sandru wszystkie rzeki maja stosunkowo duży spadek i często przypominają swym charakterem rzeki typu podgórskiego. Najważniejszymi rzekami odwadniającymi obszar Borów Tucholskich są Brda i Wda zwana Czarną Wodą. Rzeki Brda i Wda stanowią główne osie hydrograficzne Borów Tucholskich. Dodatkową atrakcją krajobrazu Borów są liczne jeziora, które powstały w skutek wytopienia się brył martwego lodu. Do najciekawszych jezior możemy zaliczyć: jez. Wdzydzkie, jez. Charzykowske, jez. Karsińskie.
Rzeki
Brda jest rzeką zaliczaną do najpiękniejszych szlaków wodnych w Polsce, jest lewym dopływem Wisły. Jej długość wynosi 238 km, zaś na dorzecze, którego powierzchnia liczy 4817 km2, składają się 43 bezpośrednie dopływy oraz liczne jeziora. Wypływa z Jeziora Smołowego położonego w środkowej części Pojezierza Bytowskiego w odległości kilku kilometrów na wschód od Miastka. Rzeka Brda wraz z niektórymi dopływami posiada wyjątkowe walory krajobrazowe. Szczególnie interesujący jest odcinek od ujęcia Bielskiej Strugi do miejscowości Piła Młyn. Rzeka płynie tu w pięknej dolinie, obramowanej wysokopiennym starodrzewem lasów liściastych. Liczne bystrza i meandry podnoszące atrakcyjność turystyczną rzeki. Podobne walory krajobrazowe posiada Zbrzyca wraz z Kłoniecznica. Kulawa i Młosienica. Interesujący jest zwłaszcza odcinek szlaku wodnego, na którym Zbrzyca przepływa przez dziewięć malowniczo położonych jezior Wda to największy lewobrzeżny dopływ Wisły, jeden z najciekawszych szlaków wodnych nie tylko w Polsce, ale i w północnej Europie. Rzeka wypływa z Jeziora Wieckiego na Kaszubach i liczy 210 km
Wda ma charakter nizinno-leśny i na wielu odcinkach jest głęboko wcięta w teren. Niekiedy płynie po podłożu kamienistym, innym razem meandruje wśród zarośli, trzcin i szuwarów, stanowiących prawdziwy raj dla dzikiego ptactwa. Uroku dodają rzece – prócz lasów – liczne zakola, niekiedy mocno rozczłonkowane rozlewiska, a także przepiękne, wąskie zatoczki, w które w dolnym biegu niby pod sklepieniem drzew chętnie wlewa się woda. Szerokość doliny wynosi 200-500 m, z wyjątkiem partii koło Młynek, gdzie sięga 800 m. Koryto ma szerokość 8-30 m, a głębokość około 1 m. Na trasie istnieją pomniki przyrody, jak np. głaz narzutowy w wodzie w miejscowości Czarna Woda, przybrzeżne 500-600 letnie dęby (dąb samotnik około 900-letni) we Wdeckim Młynie, rezerwat przyrodniczy “Krzywe Koło” i rezerwat bobrów w Błędnie, nie opodal połączony z uroczyskiem. W położonej nad rzeką wsi Stara Rzeka-chata zrębowa z XIX w. podcieniem narożnym.\r\n
Jeziora
Bory Tucholskie (zwłaszcza ich część środkowa i północna) są obszarem znacząco jeziornym. Większość z nich stanowią wąskie, długie, o stromych zboczach, głębokie jeziora rynnowe. Spośród wielu różnej wielkości jezior, występujących pojedynczo lub w zwartych zespołach na obszarze Borów, aż 40 przekracza powierzchnię 1km2. Do największych należą jeziora: Wdzydze, zwane potocznie Kaszubskim Morzem o powierzchni 1444,6 ha, Charzykowskie (1367,3ha), Karsińskie (648,1 ha), Kryszyńskie (461,3 ha) i Borzechowskie (237,7 ha), a także sztuczne zbiorniki: Koronowski (1560 ha) i Wdy w Tleniu (400 ha). Jeziora rynnowe zostały wyżłobione przez wody lodowcowe. Wody te, płynące pod dużym ciśnieniem rozcinały podłoże. W ten sposób powstały długie łożyska, bogate niejednokrotnie w progi i głębokie niecki. Na terenie Borów Tucholskich oprócz wymienionych typów jezior spotyka się jeszcze jeziora morenowe, występujące najczęściej w postaci zaokrąglonych niecek (np. Wielewskie). Powstały one w zagłębieniach utworzonych w wyniku nierównomiernej akumulacji lodowcowej.