Bory Tucholskie (zwłaszcza ich część środkowa i północna) są obszarem znacząco jeziornym. Większość z nich stanowią wąskie, długie, o stromych zboczach, głębokie jeziora rynnowe. Spośród wielu różnej wielkości jezior, występujących pojedynczo lub w zwartych zespołach na obszarze Borów, aż 40 przekracza powierzchnię 1km2. Do największych należą jeziora: Wdzydze, zwane potocznie Kaszubskim Morzem o powierzchni 1444,6 ha, Charzykowskie (1367,3ha), Karsińskie (648,1 ha), Kryszyńskie (461,3 ha) i Borzechowskie (237,7 ha), a także sztuczne zbiorniki: Koronowski (1560 ha) i Wdy w Tleniu (400 ha). Jeziora rynnowe zostały wyżłobione przez wody lodowcowe. Wody te, płynące pod dużym ciśnieniem rozcinały podłoże. W ten sposób powstały długie łożyska, bogate niejednokrotnie w progi i głębokie niecki. Na terenie Borów Tucholskich oprócz wymienionych typów jezior spotyka się jeszcze jeziora morenowe, występujące najczęściej w postaci zaokrąglonych niecek (np. Wielewskie). Powstały one w zagłębieniach utworzonych w wyniku nierównomiernej akumulacji lodowcowej.