Teren Borów Tucholskich zamieszkuje wiele różnorodnych gatunków ssaków, ptaków, płazów, gadów, owadów oraz ryb. W Borach Tucholskich stwierdzono występowanie 144 gatunków ptaków, w tym 108 lęgowych, m.in. żuraw, puchacz, bielik i zimorodek. Symbolem Borów jest głuszec - ptak, który jeszcze niedawno licznie występował w Borach Tucholskich, a szczegolnie w Nadleśnictwie Klosnowo. Z dużych ssaków występują: jelenie, sarny, dziki, lisy, kuny, jenoty, wydry i borsuki. W roku 1978 na obszarze Strugi Siedmiu Jezior reintrodukowano bobra europejskiego, zwiększającego z roku na rok swoją liczebność. Szczególną rolę w środowisku pełnią nietoperze: karlik większy, gacek brunatny, nocek duży, rudy i Natterera. Rzeki, strugi, jeziora na terenie Borów Tucholskich zamieszkuje szereg gatunków ryb. Pospolitymi między innymi są: płoć, karp, węgorz, sielawa, lipień, okoń, lin, karaś, szczupak i pstrąg, co wskazuje na jeszcze stosunkowo czyste wody w rejonie Borów Tucholskich. Z płazów i gadów najpospolitsze to: zaskroniec, padalec oraz jaszczurka zwinka. Rzadziej występuje żmija zygzakowata. Warto też wspomnieć o będących pod ochroną ropuchach oraz pospolitych żabach: wodnej i trawnej, urządzających wiosną wieczorne koncerty. Bogactwo form reprezentuje świat bezkręgowców, w tym duża gama owadów. Wiele z nich zalicza się do gatunków rzadkich.