Wody powierzchniowe są obok rzeźby terenu i szaty roślinnej fundamentalnym elementem krajobrazu Borów Tucholskich. Siec wód powierzchniowych, na którą składają się liczne jeziora i rzeki, jest bardzo bogata. Wszystkie cieki wodne należą do lewego dorzecza Wisły, płynąc na południe lub południowy wschód ku pradolinie Wisły, zgodnie z nachyleniem terenu ukształtowanym w epoce lodowcowej. Odprowadzają one swoje wody dawnymi szlakami odpływu wód roztopowych, w które obfituje rozległa równina sandrowa. W związku ze znacznym nachyleniem sandru wszystkie rzeki maja stosunkowo duży spadek i często przypominają swym charakterem rzeki typu podgórskiego. Najważniejszymi rzekami odwadniającymi obszar Borów Tucholskich są Brda i Wda zwana Czarną Wodą. Rzeki Brda i Wda stanowią główne osie hydrograficzne Borów Tucholskich. Dodatkową atrakcją krajobrazu Borów są liczne jeziora, które powstały w skutek wytopienia się brył martwego lodu. Do najciekawszych jezior możemy zaliczyć: jez. Wdzydzkie, jez. Charzykowske, jez. Karsińskie.