Flora Borów Tucholskich jest zaliczana do średnio bogatych. Łącznie odnotowano na tym terenie ponad 900 gatunków. Na tym terenie znajduje się 640 gatunków roślin naczyniowych. Stanowi to 33% całej flory Polskiej. Bardzo często z roślin naczyniowych występują np. krwawnik pospolity, rzepik pospolity, olsza czarna, rajgras wyniosły, ostrożeń polny, wierzbownica błotna, jasieniec piaskowy, wierzba iwa, przetacznik ożankowy. Natomiast bardzo rzadko można spotkać np czyścica drobnokwiatowa, smagliczka kielichowata, rumian polny, traganek piaskowy, turzyca odległokłosa, chaber bławatek, przegorzan kulisty, ślaz zygmarek, fiołek wonny. Bardzo liczne są tu gatunki reliktowe, czyli rośliny charakterystyczne dla minionych epok klimatycznych. Relikty glacjalne, które dziś występują w zasięgu arktyczno-alpejskim, borealno-alpejskim i borealnym, zaliczane są do najstarszych składników flory. Są to bagno zwyczajne, borówka bagienna, bażyna czarna, trzcinnik prosty i mącznica lekarska. Bardzo rzadko z reliktów glacjalnych występuje chamedafne północna, wierzba lapońska, konietlica syberyjska, skalnica torfowiskowa, turzyca strunowa, fiołek torfowy, żurawina drobnolistkowa i zimoziół północny. Flora mszaków liczy 181 gatunków i 2 odmiany, w tym 26 gatunków wątrobowców, co stanowi około 11% krajowej hepatikoflory, oraz 155 gatunków mchów, jest to około 23% krajowej muskoflory. Wśród gatunków wątrobowców często występuje np. cefalocjella, lepidocja, płozik różnolistny, rzęsienica kosmatka i nadobna, natomiast do bardzo rzadkich zalicza się np. trichokolea, mylia, porostnica wielokształtna, płozik dwuzębny, przyziemka, lofocja. Wśród mchów często występuje np. mochwian błotny, krótkosz, prątnik trójrzędowy, mokradłosz, drabik drzewkowaty typowy, płaskomerzyk kędzierzawy, płonnik jałowcowy, torfowiec odgiey. Do mchów bardzo rzadkich zaliczamy np. pędzlik szydlasty, zwojek rurkowaty, torfowiec Russowa, zozłupek nierodzajny, skalniczek, sznureczek, rokiet pełzający, zdrojek potokowy, widłoząb, żurawiec.

 

W skład gatunkowy Borów Tucholskich wchodzi również liczna grupa gatunków o zasięgu środkowo-europejskim i atlantyckim, w tym występująca w jeziorach lobeliowych: lobelia jeziorna, poryblin jeziorny, wywłócznik skrętoległy, elisma wodna i jeżogłówka pokrewna. Występuje tu również kłoć wiechowata, która jest charakterystyczna dla siedlisk o podłożu bogatym w węglan wapnia. Do ciekawych gatunków w Borach można zaliczyć m. in. kocanki piaskowe. pływacze, rosiczkę okrągłolistną oraz widłaki. Mimo tak małej liczby różnorodnych gatunków, flora tego terenu wyróżnia się od innych. Występuje tu znaczna ilość unikalnych w skali całego kraju gatunków. Świadczy o tym również fakt, że wiele roślin jest objętych ścisłą ochroną i jest wpisana do "Polskiej Czerwonej Księgi Roślin". Również obecność reliktów sygnalizuje wysoki stopień naturalności szaty roślinnej.